في شبابه، شارك مجتبى خامنئي لفترة قصيرة في الحرب العراقية الإيرانية ضمن الخدمة العسكرية. وبعد ذلك، أقام علاقات وثيقة مع الحرس الثوري الإيراني، وظل لسنوات طويلة شخصية مؤثرة داخل الدائرة المقربة من والده، حيث لعب دوراً بارزاً خلف الكواليس في مراكز صنع القرار
